故事发生在未来，人类文明高度发达，一种被称作「武装神姬」的迷你机器人得到开发。她们全部为女性形象，身长为15cm左右，对于其所认定的主人，神姬们忠诚热情，为了主人、荣誉感或者仅仅一时的冲动，这些小人儿便可迅速变换出装备精良的铠甲投入战斗之中。不仅如此，当前科技水平甚至允许人们使用虚拟同步设备控制神姬(Shinki)们的动作从而进行战斗。 一名被称呼为翼羽(Tsubasa)的男孩想成为一位神姬大师(Shinki Master)从而救助了一个被追击的安瓦尔Mk.II (Arnval Mk.II)型，但其并不知道这个神姬为试制机(Type Zero One)，因此他被卷入了一场更大的阴谋之中.....