在这个以架空历史为背景的故事中，一场神秘的瘟疫导致男性人口迅速下降，该国的女性被迫承担起江户社会的核心权力角色，符合条件的男子则在大奥的宫墙内担任女幕府将军的妃嫔。德川幕府的第八任幕府将军吉宗很好奇为什么女性在继承家族血脉时要用男性的名字，她查阅了一份名为“末日编年史”的大奥档案，该档案可以追溯到德川第三任幕府将军家光时代。在通读这本书时，吉宗开始揭开内室的历史。