第3季开始超人大败艾莉·奥尔斯顿已经过去了 27 天。Clark 和Lois现在一起在Smallville Gazette工作，享受小镇生活。然而，当一项卧底任务揭露了一个有望永远改变肯特家族的致命敌人时，露易丝自己的工作与生活平衡受到了考验。与此同时，肯特男孩发现自己被拉向相反的方向。在所有这些剧变中，约翰·亨利被他分身的过去所困扰，导致他和娜塔莉面临危险的后果。拉娜朗和凯尔在分居后重新定义了他们的家庭，而莎拉在了解乔丹超能力的真相后，探索她和乔丹的未来。塞缪尔·莱恩将军通过艰难的方式了解到没有人可以信任与超人一起工作后，重新获得了他在国防部的职位，但在与他的外孙乔丹一起工作时却面临着自己的冲突。