第三季讲述了一个设定在数百年前的起源故事，同时延续了关于一万人在神秘环境下生活于地下的反乌托邦社会的传奇。在当下，朱丽叶·尼科尔斯在被迫的“清洁”中幸存下来，但带着失忆返回，此时地堡正从叛乱中恢复，并面临一个危险的新威胁。与此同时，在“旧时代”，记者海伦·德鲁和国会议员丹尼尔·基恩发现了一个阴谋，将他们卷入一连串具有灾难性、不可逆转后果的事件中。