库特莉亚芙卡与直枝理树成为恋人，这是修学旅行平安结束后的另一个Little Busters的世界──在暑假开始，Little Busters！成员们陆续回家的时候，库特和理树留在学校宿舍居住。男生宿舍在翻修工程中发生漏水事故，导致宿舍无法继续使用。失去居所的理树，被库特以「室友现在还在募集中…」为由、邀请到了房中展开秘密同居生活。一边帮助库特进行暑假自由研究、一起度过不被别的学生发现的日子……