在经历上一场案件后，兔警官朱迪与狐狸尼克已经成为搭档。一个神秘爬行动物突然出现在疯狂动物城，并引发一连串意外事件，让这座原本由哺乳动物构成的城市面临新的危机。为了追查真相，朱迪和尼克再次携手行动，在追捕过程中前往此前鲜少接触的新领域，并深入神秘的地下黑市寻找线索。随着调查不断深入，这对老搭档逐渐发现，神秘爬行动物的出现背后还隐藏着更多关于疯狂动物城的秘密……