公元2030年时，网络的加速性发展，也带来了犯罪的复杂化，以事先找到犯罪的种子，并消除其危险性为目的的组织—公安九课被设立了，该组织是直属日本内务省的独立部队，一支高度义体化并擅长电脑战的特殊部队，俗称“攻壳机动队”。从电脑犯罪、国内要人的保护、凶恶杀人犯的搜索、揭发政客的贪污、抑制恐怖活动的发生到不能公开的暗杀，都是公安九课工作范围。