当尼基塔还是一个深陷困境的少女时，她被美国秘密机构“部门”从死牢中救出，该机构伪造了她的死刑，并告诉她，她将获得第二次机会，开始新的生活并为国家服务。但他们没有告诉她，她正在接受间谍和刺客的训练。最终，尼基塔被出卖，她的梦想被她唯一认为可以信任的人打碎。现在，躲藏了三年后，尼基塔正在寻求报复，并向她的前任老板明确表示，她将不惜一切代价揭露和摧毁他们的秘密行动。然而，目前，“部门”仍在继续招募和训练其他年轻人，抹去他们前世的所有证据，把他们变成冷酷而高效的杀手。这些新招募的亚历克斯刚刚开始明白她的未来，以及传奇人物尼基塔为何做出绝望的逃跑决定。