第二季的故事紧接着第一季，在Finch被神秘的Root小姐绑架以后，“西装男”John Reese只得求助于他在纽约警局凶杀科的侦探朋友们Carter以及Fusco的帮助，经过缜密调查，终于将Finch救出，却被Root逃脱。看似恢复如初的生活，其实暗藏危机。除了，一心想要把Finch的程序公开化的Root以外，他们还要找出HR真正的幕后黑手。另一方面，联邦调查局和中央情报局都在不遗余力地想要找出John。只要机器存在一天，这个城市仿佛从来不让他们休息....