在遥远未来的公元2195年，人类在火星的殖民地被称为“木星蜥蜴”的神秘木星生物袭击，由于彼此科技有差距，地球军大败，火星殖民地被摧毁，地球联合军立刻提升军力以备战敌人。而此时一个不属于地球政府的私人集团——尼尔加（NERGAL）重工，研制了一艘火力强大、站在人类科技尖端的宇宙战舰，这艘战舰的名字就叫做抚子（NADESICO）。本故事就讲述一班在抚子号上的成员的经历，他们一方面和木星蜥蜴作战，另一方面又要在地球政府吞并的压力下力求独立自主，而他们随着不断的战斗，渐渐揭开隐藏在背后的惊人事实真相……