第三季中，瓦莱丽·爱德华兹新晋升任情报站站长，派遣丹尼尔·米勒和罗伯特·基尔希前往爱沙尼亚执行一项外交使命。在那里，他们发现了俄罗斯即将发动秘密入侵的迹象，这场入侵恐将动摇北约同盟的稳定。丹尼尔选择留下追寻真相，却在任务中离奇失踪。情报站其余成员，连同新加入的特种行动处案件官拉斐尔·托雷斯，必须联手揭开这场阴谋的层层面纱，将丹尼尔带回家。