在纽约，有一只名叫斯普林特的老鼠，它的师傅是一位功力很深的忍者，是几个世纪以来修炼忍者功夫者中最伟大的一个，斯普林特是他养的一个宠物，在和滨户良在一起的日子里，斯普林特通过观察和模仿滨户良练功时的动作，学会了忍术。在施瑞德杀死滨户良的那一刻，斯普林特曾奋力反抗，但是毫无作用。他被扔下了楼。在滨户良被杀后没几天，斯普林特在路上遇到了一辆装有毒化学物质的卡车飞快的行驶着，卡车差一点撞到一位正在过马路的盲人，路边的一个孩子为了救盲人，手上抱着的四只宠物龟掉在了地上，和卡车上翻滚下来的一瓶神秘液体一起被冲进了下水道。出于好奇，斯普林特在下水道找到了四只沾染了神秘液体的乌龟。但是这些化学物质令四只平凡的小乌龟发生了基因突变，变成了像人一样能站立行走的人形乌龟，他们分别是达芬奇、拉斐尔、米开朗基罗和多纳泰罗，于是斯普林特以父亲的身份抚养这四只乌龟，并且传授他们忍术。并在艾普利尔小姐与凯西的帮助下，与住在地层地下企图统治世界的施莱德展开了一场又一场斗争。