故事发生在与我们所熟悉的奥特曼的世界平行发展的世界。这个世界，存在着以发现并抹杀潜伏在人类之中的外星人为己任的DEUS。但是，这个世界的内部正暗暗涌动着潜藏的危机，而这样的危机已经干涉了奥特曼所在的世界。于是奥特赛文将自己的力量送到平行世界，并选中了DEUS的特工JIN。因为事故失去了全部记忆的JIN从神秘的女子艾丽亚手中拿到了奥特眼镜，从而获得了变身成为赛文在平行世界的身姿，真红的巨人——赛文X的能力。