在与戈尔戈姆的战斗结束后半年，本应取回和平的地球突然被怪魔界克莱西斯帝国打破。克莱西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下，但光太郎不答应，于是杰克将军便将其变身机能破坏。变身机能破坏的情况下，光太郎被扔往宇宙。在即将变为宇宙尘埃的时候，光太郎被神秘的太阳光线照射，其体内的帝王石亦产生了变化，光太郎也因此变成了新生的光之王子——“太阳之子”假面骑士Black RX，并展开了与克莱西斯帝国的战斗……