故事设定在20世纪之后约1000年，地球人冒险进入外太空后，在与神秘外星种族伊鲁米达斯人的战争中战败。流离失所的地球人绝望地返回地球，却发现自己身处伊鲁米达斯人的占领之下。在这样的屈辱中，故事描绘了年轻的哈洛克（大山多吉郎）护送难民返回地球时与伊鲁米达斯人的命运邂逅，以及哈洛克与他唯一挚爱的玛雅的爱情与离别。故事以哈洛克家族的先祖——幻影F·哈洛克的回忆开篇。