西历2059年，银河移民船队“超时空要塞F”正航行在宇宙群星之中。船队中的平民少年早乙女阿尔特一直梦想能成为飞行员。 银河中最红的歌姬谢莉尔•诺姆即将来超时空要塞F开巡回演唱会。十分崇拜的谢莉尔少女兰卡•李拉着阿尔特一起去看演唱会。谁料船队突然遭到重机甲生物巴究拉的袭击，危机时刻，为了守护少女们，阿尔特坐进了最新型变形战斗机VF-25……