神盾局一沦陷，考森在尼克·弗瑞的允许下开始重建组织、收拾残局，而除了招募新人最重要的事情，就是必须创建起与政府机构的信任桥梁。同时，考森在领队在世界各地全力搜查“九头蛇”余党的踪迹，而昔日的伙伴如今沦为背叛者的沃德则是成为了他们唯一的线索。考森感觉自己当初复活期间所产生的“副作用”时不时会涌上心头，也发觉自己的自控能力越来越差，死命刻墙图、甚至为了查明真相而派队员去送死，屡次让神盾局陷入更大的危机。更吃惊的是，丝凯失散多年的父亲突然回归，并在身后也有一个从古到今毫无任何人见过的“异人”组成的联盟。丝凯因此再度为自己的身世产生疑问，也陷入了选择家人或者伙伴、左右为难的局面。