从石器时代到现代文明，跨越200万年的科学史！在宝岛上的激烈战动结束，千空一行人平安无事地回到科学王国。使用得到手的石化装置，成功让进入冷冻睡眠状态的司复活，司也成为科学王国的同伴了！接下来，千空一行人为了阻止位于「月球」根据地让人类石化的幕后黑手「WHY人」，而以前往月球为目标！话不多说，为了从全世界收集打造太空船的材料，千空一行人乘着珀耳修斯号奔向大海。制造复活液需要大量的玉米，因此第一个目的地，就是美洲大陆。勇气、结束、科学力量，挑战这一切的大航海计划前方，另千空等人动摇的威胁正等着他们！终于，千空一行人的冒险，将扩大至世界以及外太空！为了拯救人类的未来，千空与同伴们一同尽全力开拓科学之道！在这个石之世界，从零开始打造太空船的大计划开始了！