在城户沙织以“银河战争”的开幕为开端，觉悟到自己要为将在圣域蔓延的邪恶曝光于天下而战的宿命之后，感觉到纷争气息的邪恶女神“厄里斯”在彗星“雷帕鲁斯（Repulse）”的引导下再次袭击地球企图为大地带来流血混乱。为了粉碎她的野心，身为雅典娜的侍女的圣斗少女们陆续展开了激斗。本作的时间线，在翔成为圣斗少女之前是原作中的“银河战争篇”期间，成为了圣斗少女之后是在“十二宫篇”之后。